Minggu, 02 Oktober 2011

DNA


DNA
DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN) merupakan tempat penyimpanan informasi genetik.
Struktur DNA
Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson menemukan model molekul DNA sebagai suatu struktur heliks beruntai ganda, atau yang lebih dikenal dengan heliks ganda Watson-Crick.DNA merupakan makromolekul polinukleotida yang tersusun atas polimer nukleotida yang berulang-ulang, tersusun rangkap, membentuk DNA haliks ganda dan berpilin ke kanan.Setiap nukleotida terdiri dari tiga gugus molekul, yaitu :
- Gula 5 karbon (2-deoksiribosa)
- basa nitrogen yang terdiri golongan purin yaitu adenin (Adenin = A) dan guanin (guanini = G), serta golongan pirimidin, yaitu sitosin (cytosine = C) dan timin (thymine = T)
- gugus fosfat

Berikut susunan struktur kimia komponen penyusun DNA :
Baik purin ataupun pirimidin yang berkaitan dengan deoksiribosa membentuk suatu molekul yang dinamakan nukleosida atau deoksiribonukleosida yang merupakan prekursor elementer untuk sintesis DNA.Prekursor merupakan suatu unsur awal pembentukan senyawa deoksiribonukleosida yang berkaitan dengan gugus fosfat.DNA tersusun dari empat jenis monomer nukleotida.
Keempat basa nitrogen nukleotida di dalam DNA tidak berjumlah sama rata.Akan tetapi, pada setiap molekul DNA, jumlah adenin (A) selalu sama dengan jumlah timin (T).Demikian pula jumlah guanin (G) dengan sitisin(C) selalu sama.Fenomena ini dinamakan ketentuan Chargaff.Adenin (A) selalu berpasangan dengan timin (T) dan membentuk dua ikatan hidrogen (A=T), sedagkan sitosin (C) selalu berpasangan dengan guanin (G) dan membentuk 3 ikatan hirogen (C = G).
Stabilitas DNA heliks ganda ditentukan oleh susunan basa dan ikatan hidrogen yang terbentuk sepanjang rantai tersebut.karean perubahan jumlah hidrogen ini, tidak mengherankan bahwa ikatan C=G memerlukan tenaga yang lebih besar untuk memisahkannya.
DNA merupakan makromolekul yang struktur primernya adalah polinukleotida rantai rangkap berpilin.Sturktur ini diibaratkan sebagai sebuah tangga.Anak tangganya adalah susunan basa nitrogen, dengan ikatan A-T dan G-C.Kedua “tulang punggung tangganya” adalah gula ribosa.Antara mononukleotida satu dengan yang lainnya berhubungan secara kimia melalui ikatan fosfodiester.
DNA heliks ganda yang panjangnya juga memiliki suatu polaritas.Polaritas heliks ganda berlawanan orientasi satu sama lain.Kedua rantai polinukleotida DNA yang membentuk heliks ganda berjajar secara antipararel.Jika digambarkan sebagai berikut :
Replikasi DNA
Replikasi adalah peristiwa sintesis DNA.Saat suatu sel membelah secara mitosis, tiap-tiap sel hasila pembelahan mengandung DNA penuh dan identik seperti induknya.Dengan demikian, DNA harus secara tepat direplikasi sebelum pembelahan dimulai.Replikasi DNA dapat terjadi dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama.Proses komplementasi pasangan basa menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama sebagai cetakan.Kemungkinan terjadinya replikasi dapat melalui tiga model.
Model pertama adalah model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah, berfungsi sebagai cetakan untuk dua dua rantai DNA baru.
Model kedua disebut model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama tersebut.Model ketiga adalah model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama digunakan sebgai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru.
Berikut adalah gambaran replikasi yang terjadi terhadap DNA :
Dari ketiga model replikasi tersebut, model semikonservatif merupakan model yang tepat untuk proses replikasi DNA.Replikasi DNA semikonservatif ini berlaku bagi organisme prokariot maupun eukariot.Perbedaan replikasi antara organisme prokariot dengan eukariot adalah dalam hal jenis dan jumlah enzim yang terlibat, serta kecepatan dan kompleksitas replkasi DNA.Pada organisme eukariot, peristiwa replikasi terjadi sebelum pembelahan mitosis, tepatnya pada fase sintsis dalam siklus pembelahan sel.
RNA
RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat merupakan makromolekul yang berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur informasi genetik.RNA sebagai penyimpan informasi genetik misalnya pada materi genetik virus, terutama golongan retrovirus.RNA sebagai penyalur informasi genetik misalnya pada proses translasi untuk sintesis protein.RNA juga dapat berfungsi sebagai enzim ( ribozim ) yang dapat mengkalis formasi RNA-nya sendiri atau molekul RNA lain.
Struktur RNA
RNA merupakan rantai tungga polinukleotida.Setiap ribonukleotida terdiri dari tiga gugus molekul, yaitu :
- 5 karbon
- basa nitrogen yang terdiri dari golongan purin (yang sama dengan DNA) dan golongan pirimidin yang berbeda yaitu sitosin (C) dan Urasil (U)
- gugus fosfat
Purin dan pirimidin yang berkaitan dengan ribosa membentuk suatu molekul yang dinamakan nukleosida atau ribonukleosida, yang merupakan prekursor dasar untuk sintesis DNA.Ribonukleosida yang berkaitan dengan gugus fosfat membentuk suatu nukleotida atau ribonukleotida.RNA merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA merupakan polimer yang jauh lebih pendek dibandingkan DNA.
Tipe RNA
RNA terdiri dari tiga tipe, yaitu mRNA ( messenger RNA ) atau RNAd ( RNA duta ), tRNA ( transfer RNA ) atau RNAt ( RNA transfer ), dan rRNA ( ribosomal RNA ) atau RNAr ( RNA ribosomal ).
RNAd
RNAd merupakan RNA yang urutan basanya komplementer dengan salah satu urutan basa rantai DNA.RNAd membawa pesan atau kode genetik (kodon) dari kromosom (di dalam inti sel) ke ribosom (di sitoplasma).Kode genetik RNAd tersebut kemudian menjadi cetakan utnuk menetukan spesifitas urutan asam amino pada rantai polipeptida.RNAd berupa rantai tunggal yang relatif panjang.Berikut gambarnya :
RNAr
RNAr merupakan komponen struktural yang utama di dalam ribosom.Setiap subunit ribosom terdiri dari 30 – 46% molekul RNAr dan 70 – 80% protein.
RNAt
RNAt merupakan RNA yang membawa asam amino satu per satu ke ribosom.Pada salah satu ujung RNAt terdapat tiga rangkaian baa pendek ( disebut antikodon ).Suatu asam amino akan melekat pada ujung RNAt yang berseberangan dengan ujung antikodon.Pelekatan ini merupakan cara berfungsinya RNAt, yaitu membawa asam amino spesifik yang nantinya berguna dalam sintesis protein yaitu pengurutan asam amino sesuai urutan kodonnya pada RNAd.
Perbedaan antara DNA dan RNA
Berdasarkan penjelasan sebelumnya kita dapat menyimpulkan beberapa perbedaan antara DNA dengan RNA sebagai berikut :
- komponen :
Gula pada DNA deoksiribosa , sedangkan RNA adalah ribosa
Basa nitrogen : – purin — DNA adalah Adenin dan Guanin, pada RNA adalah Adenin dan Guanin
- Pirimidin — DNA adalah Timin dan sitosin, pada RNA adalah Urasil dan sitosin
- Bentuk : — DNA berbentuk rantai panjang , ganda, dan berpilin (double heliks)
— RNA berbentuk rantai pendek, tunggal, dan tidak berpilin
- Letak : — DNA terletak di dalam nukleus, kloroplas, mitokondria
– RNA terletak di dalam nukleus, sitoplasma, kloroplas, mitokondria
- Kadar : — DNA tetap
– RNA tidak tetap

sumber : kbs.jogja.go.id/upload/DNA.doc

isolasi DNA


ISOLASI DNA 
  1. Judul
Isolasi DNA

  1. Tujuan
Untuk lebih dapat mengenal DNA

  1. Prinsip
-          Merusak membran sel dan mengeluarkan DNA beserta organel lainnya ke dalam medium yang tidak dapat mendegradasi DNA.
-          Memisahkan DNA dengan protein histon.
-          Memisahkan DNA dengan komponen sel lainnya dengan pencucian

  1. Teori Penunjang
Dalam rekayasa genetika, isolasi DNA kromosom adalah tahap yang paling penting yang sering kali harus dilakukan. Hal ini dikarenakan DNA kromosom merupakan sumber DNA yang umumnya kita kehendaki untuk diklon. Adapun menurut Watson dan Crick struktur heliks ganda seperti DNA mempunyai ciri-ciri khas seperti tersusun oleh dua rantai polinukleotida yang basanya berpasangan dengan ikatan hidrogen, dengan aturan perpasangan A-T dan G-C. Pasangan A-T diikat oleh dua ikatan hidrogen, sedangkan G-C oleh tiga ikatan hidrogen, perpasangan dengan ikatan hidrogen ini selain mengikat juga mempertahankan jarak antara dua basa. Antara dua utasan membentuk pasangan anti pararel yaitu antara kedua utasan terdapat arah yang berlawanan; ujung 5’P akan berhadapan dengan ujung 3’OH, antara dua pasangan basa terdapat jarak sebesar 3,4 A0. Dan pasangan dua utasan DNA membentuk suatu pilinan disekitar suatu sumbu dengan arah pilinan kekanan atau searah dengan arah jarum jam, setiap sepuluh pasang basa (3,4A0) akan membentuk satu pilinan atau perputaran 3600 yang berdiameter 200.
Proses merekristalisasi molekul DNA dengan menggunakan etanol dapat mengakibatkan terbentuknya endapan yang dapat dilakukan dengan cara mencelupkan batang pengaduk ke dalam larutan, maka molekul DNA akan terlilit pada batang pengaduk tersebut. Hasil isolasi DNA yang didapat dari percobaan ini adalah seperti benang-benang halus yang berwarna putih. Benang-benang tersebut merupakan kumpulan DNA yang berbentuk kromatin.
Kromatin terdiri dari sejumlah molekul DNA yang beruntai ganda yang sangat panjang dan massa protein dasar yang agak kecil serta hampir sama besarnya yang dinamakan histon disamping protein non histon dalam jumlah yang lebih sedikit (sebagian diantaranya bersifat asam dan berukuran lebih besar daripada histon) dan sejumlah kecil RNA. Heliks DNA berantai ganda dalam setiap kromosom memiliki panjang yang besarnya ribuan kali diameter nukleus sel. Salah satu tujuan molekul ini, khususnya histon adalah untuk memadatkan DNA.

  1. Alat dan Bahan
    1. Darah segar
    2. Antikoagulan EDTA
    3. Cell lysis solution
    4. RBC Lysis Solution
    5. Protein precipitation solution
    6. RNASe A
    7. Isopropanol
    8. Tabung ependorf
    9. Sentrifuge
10.  Mikropipet
11.  Waterbath
12.  Vertex

  1. Prosedur
    1. Menyiapkan darah segar yang telah diberikan antikoagulan EDTA.
    2. Menyiapkan tabung ependorf
    3. Memasukkan RBC lysis solution sebanyak 900 mikro liter ke dalam tabung ependorf
    4. Menambahkan darah segar sebanyak 300 mikro liter ke dalam tabung ependorf
    5. Melakukan proses Inverting
    6. Menginkubasi larutan tersebut selama 10 menit
    7. Melakukan proses sentrifugasi selama 30 detik dengan kecepatan 14.000 rpm
    8. Membuang supernatan dan mengambil benda darah yang mengendap
    9. Menambahkan Cell lysis solution sebanyak 300 mikro liter
10.  Menghomogenasi larutan dengan pengadukan menggunakan mikropipet
11.  Menambahkan 1,5 mikroliter RNAse A kedalam larutan
12.  Melakukan proses inverting
13.  Menginkubasi larutan tersebut selama 15 menit di dalam waterbath dengan suhu 37oC selama 15 menit
14.  Menambahkan protein precipitation solution sebanyak 100 mikro liter
15.  Melakukan proses sentrifugasi selama 3 menit hingga terlihat pellet yang berwarna coklat terang
16.  Menyiapkan tabung ependorf yangberisi isopropanol sebanyak 300 mikroliter
17.  Mengambil supernatant dan memindahkannya ke dalam tabung ependorf tersebut
18.  Melakukan proses Inverting hingga terlihat untaian DNA yang berwarna putih

  1. Hasil
Terlihat pita berwarna putih pada campuran supernatant dengan isopropanol

  1. Kesimpulan
Untaian DNA dapat diamati lebih lanjut karena telah dapat  dipisahkan dari protein histonnya.

sumber :http://seisyuhada.wordpress.com/2009/11/20/isolasi-dna/